Desktop aonde?

Ambas são IDEs para desenvolvimento desktop ou web. O Netbeans é mais amigável, mas pouco fluído por usar o pesado Swing. Eclipse é mais leve por usar SWT com componentes nativos do SO. E o principal que o Eclipse é mais usado no mercado.

Eu uso Eclipse pra tudo, Java SE; Android; C++ (highlight/texto-raw e compila no bash) e Web.

Vai questão de gosto mesmo, mas nas empresas é mais comum encontrar Eclipse na maquina dos desenvolvedores.