Dica por onde começar Desenvolver sistema web para pontuação que leia cartão

Tenho interesse em saber também como que o java se comunica com perféricos.

A maioria dos dispositivos fornecem alguma interface de comunicação sendo somente necessário pegar o manual deles e ver como funciona. Alguns fornecem uma interface serial e um protocólo de comunicação outros uma interface usb emulando uma interface serial. Há tambem os que fornecem somente a interface USB mas ai disponibilizam alguma biblioteca de comunicação!
Não existe mistério algum em fazer a comunicação com esses dispositivos, é só descobrir como eles se comunicam, claro, se você não tem a documentação, se torna praticamente impossível.

x@ndy vc ja configurou esses tipos de periféricos? então é só isso não tem mistério é só ter a documentação do aparelho blz

Nunca trabalhei com um leitor específico de cartão, mas já trabalhei com n tipos de dispositivos. Os únicos que tive problemas foi nos quais os fabricantes não disponibilizavam a documentação.

Então a primeira coisa que tenho que fazer é comprar o aparelho de leitura e ir trabalhando qualquer coisa entro em contato

Isso mesmo, mas antes de comprar veja o modelo e pegue na net a documentação! Dependendo do caso você pode criar um “emulador” para testar o funcionamento, depois é só testar com equipamento físico mesmo. Trabalhei muito com equipamentos industriais na qual eu não tinha acesso ao dispositivo. Então eu emulava o seu funcioamento!

Interessante isso! Quer dizer por exemplo, aqueles dispositivo de ler digital se eu quiser criar um sistema de folha de ponto é só procurar a especificação do dispositivo que la vai ter jar’s e como usa-lo?

Não necessáriamente vai ter as bibliotecas em java (alguns dispositivos até tem) mas eles disponibilizam alguma biblioteca ai é só usar JNI ou JNA.
Alguns dispositivos também não possivel emular, o de digitais é um exemplo!