Existem diferencas. Ambos sao provedores de JMS, mas ambos podem ser usados com API propria e cada um tem uma implementacao diferente. Portanto, eles resolvem o problema de maneira diferente, e dependendo do que vc vai usar, um eh melhor que o outro (mais rapido, ou consome melhor os recursos, ou mais facil, …) . Geralmente, a gente usa aquele que a gente sabe, entao, nao existe resposta facil. E nao tem solucao facil para decidir qual estudar se vc esta comecando
Mas eu recomendaria que desse uma olhada tb no HornetQ, que eh um provedor JMS open source: http://jboss.org/hornetq