Diferenças de performance JVM Windows e Linux

Eu preciso fazer alguns testes comparativos entre os sistemas de arquivos NTFS e EXT4, pretendo usar Java para criar arquivos, diretórios etc.

Eu queria saber se há diferenças de performance entre as JVMs da mesma versão para SOs diferentes, porque se houver não vou poder comparar de forma eficiente.

Rodando as duas na mesma máquina (um dual-boot ajuda bastante, não?), não deve haver diferença entre as duas se o seu teste é para abrir e fechar arquivos. (O fonte e o código Assembly gerado pelo JIT do Java são quase iguais para o Linux e o Windows). Nesse ponto, o tempo é realmente dominado pelo tempo que o sistema operacional leva para lidar com os arquivos, não com o Java em si. Dica: acho que você na verdade não vai só comparar os sistemas de arquivos em si, mas também os sistemas operacionais - ou seja, em vez de você lidar com 1 variável de cada vez, vai acabar lidando com 2.

não acho que notaras grande diferença principalmente para operações simples, devias tentar usar operações com ficheiros grandes para poderes testar melhor a performance, e tenta ter um windows sem muitos programas extras instalados para nao prejudicar a performance, e um linux sem muitos programas extras tambem.