1) Usa arquivos de propriedades, existem variaveis java que voce obtem o diretorio corrente. usa a varivavel user.dir.
import java.util.Properties;
/**
* @author Java++
*/
public class ShowProperties {
public static void main(String[] args) {
// Imprime a lista de propriedades do sistema
System.getProperties().list(System.out);
// Para recuperar uma propriedade específica
Properties properties = System.getProperties();
System.out.println("Nome do Usuario (user.name) = "
+ properties.getProperty("user.name"));
// Para sobrepor uma propriedade
properties.setProperty("user.name", "Java++");
}
}
2) Tu pode gerar um aquivo .jar para instalar a aplicação compilada. Ou então cria um compactado com este jar que fica mais agradave a instalação. Dá um olha aqui:
http://java.sun.com/j2se/1.5.0/docs/guide/jar/index.html
http://izpack.org/