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Preciso configurar dois sites distintos em um mesmo servidor WEB como raiz exemplo:
www.exemplo1.com.br
www.exemplo2.com.br
Em cima do mesmo dominio consegui já tipo www.exemplo1.com.br e www.exemplo1.com.br/intranet
A versão que eu utilizo é a do Tomcat 5.5.14
Basta colocar as duas aplicações da webapp.
É essa a dúvida?
Não…
Gostaria de digitar www.empresa1.com.br e abrisse a aplicação que está em webapps/empresa1 e digitar www.empresa2.com.br e abrir a aplicação que está em webapps/empresa2 mas que o usuário nem notasse qual pasta está abrindo… 
Leia a documentação. Se não souber pelo que procurar, tente as palavras “tomcat virtual host”.
Até!
Boa Tarde…
Dê uma pesquisada no Google sobre Hosts Virtuais.
http://www.onjava.com/pub/a/onjava/2006/08/30/publishing-multiple-sites-using-single-tomcat.html
Talvez ajude!