Duas dúvidas

Na sua duvida 2, Acho que vc deve criar um evento no botão pra fechar

vc pode usar algo desse tipo com JOptionPane, dentro do evento …

...

int i = JOptionPane.showConfirmDialog(null, "Deseja Sair?",
						"Saída", JOptionPane.YES_NO_OPTION);

				if (i == JOptionPane.YES_OPTION)
					System.exit(0);
...

Flw até mais.

Eu criei um Item de menu chamado sair
Nele criei um evento que chama o método “Sair”
Dentro do método sair coloquei um System.Exit(0);
Daí este item de meu fecha todo o sistema
Porém o que tenho dúvida é
como implemento o fechamento de um formulário por um botão

Se eu colocar um System.Exit vai fechar tudo não só a minha mensagem.

Use o método dispose() do seu objeto. Por exemplo:

int i = JOptionPane.showConfirmDialog(null, "Deseja Sair?", "Saída", JOptionPane.YES_NO_OPTION);

if (i == JOptionPane.YES_OPTION) {
    dispose();
}

E sobre a 1° é culpa do NetBeans que não deixa voce tocar no que ele cospe no seu código. Tente retirar esse listener pelo Matisse.