Ola, só existe UMA classe principal.
Se vc se refere a classes com main, aí é outra história, só são classes executáveis.
O projeto só pode ter uma principal e pra ser principal deve ter o main.
Como o @Rodrigo_Void disse, só existe uma classe principal, independente de quantas classes com main existam no projeto.
Para ordenar, é simples, escolha a classe que quer que seja a “principal” e, dentro do main, invoque as demais.
Se cada classe com main possui instruções específicas, você deve colocar a invocação de cada sequência de maneira ordenada, atendendo ao que necessita.