Duvida com matriz

Bom dia pessoal, blz? olhá só estou fazendo um programa para ler uns arquivos e e zipar eles, bom o zip já consegui fazer, como já sei os nomes dos arquivos criei uma array e com os nomes dos arquivos, fazer uma tarefa agendada do unix.
Mas o pessoalm mudou quer que coloque o nome da pasta para um conjunto de arquivos diferentes.
por exemplo prevEmsisao vem com uns 10 arquivos e o um outro com mais dez…
preciso criar uma array bidmensional para isso?

Primeira coisa - não precisa repetir tópicos.

Segunda coisa - não use arrays, se puder, a menos que você saiba a dimensão que eles vão ocupar.

Usar arrays costuma limitar seus programas porque você normalmente nunca sabe qual é o tamanho certo e você acaba tendo de ficar redimensionando os tais arrays, o que é muito tedioso e sujeito a erros.

Use ArrayList para listas simples, e TreeMap para listas associativas do tipo "chave" -> "valor".

O ArrayList é tão rápido quanto um array, mas mais flexível porque você pode ir adicionando elementos a ele, que ele se "auto-redimensiona".

Você pode também criar um ArrayList de ArrayList.

Pra começar, não entendi muito bem por que é que o tal array teria de ser bidimensional.
Qual é a primeira e qual é a segunda dimensão?

cara é o seguinte já sei quantos arquivos eu tenho que ler sempre. por isso escolhi array.
olha só a minha duvida vou ter 3 pastas e nessas 3 pastas eu tenho colocar os arquivos nelas e zipar depois fiz com uma pasta e deu certo mas na hora de criar a segunda pasta não consigo.
na primeira pasta tenho que colocar 16 arquivos que um sistema dataflex gera… na segunda 12 na 3 21…