Duvida com XML

Olá, eu tenho uma duvida
o arquivo xml que eu criar dentro do projeto em java (no eclipse caso faça diferença)
vai ficar lá com os valores guardados sempre, caso eu salve um valor nele quando eu executar novamente estará lá o valor?

e caso fique como eu faço pra manipular os dados dentro do xml?
procurei um monte de tutoriais mais nenhum me ajudou, pois eles dão algum codigo e se vc testar ele funciona
mas nao explicam oque cada parte do codigo faz.

Vê se te ajuda http://www.devmedia.com.br/manipulando-arquivos-xml-em-java/3245

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