Dúvida comparação de Strings

Boa tarde a todos!!!

Pessoal eu fiz o seguinte código e gostaria de saber se é possível compara a String CodMerc2 com a String CodMerc5???

public class newavproject {


    public static void main(String[] args) {

        BufferedReader inReader = null;
        PrintWriter outWriter = null;
        String line;
        String corigem;


        corigem = JOptionPane.showInputDialog("Digite a Origem do Arquivo: ");

        double somas = 0;
        double somae = 0;
        double Somae = 0;
        double Somas = 0;

        try {
        inReader = new BufferedReader(
                   new FileReader(corigem));/*arquivo de origem*/
                   } catch( FileNotFoundException e ) {
                     if (corigem != null){
                     System.err.println(corigem);/*destino e muda o nome do arquivo*/
                     System.exit(1);
                     JOptionPane.showMessageDialog(null,"Não Foi Possível Abrir o Arquivo: " + corigem);
                     }
                   }

        try{
        while((line = inReader.readLine())!= null) {
             StringTokenizer st = new StringTokenizer(line);


             String Tipo = line.substring(0,2);

             if(Tipo.equals("01")){

             String Cnpj = line.substring(2,16);
             String Iest = line.substring(16,30);
             String Cnae = line.substring(30,37);
             String Razao = line.substring(37,72);
             String Munic = line.substring(72,102);
             String Uf = line.substring(102,104);
             String DtIni = line.substring(104,112);
             String DtFin = line.substring(112,120);
             String Ender = line.substring(120,154);
             String Num = line.substring(154,159);
             String Compl = line.substring(159,181);
             String Bairro = line.substring(181,196);
             String Cep = line.substring(196,204);
             String Ncont = line.substring(204,232);
             String FaxNum = line.substring(232,242);
             String TelNum = line.substring(242,254);
             String Email = line.substring(254,304);
             String EndSite = line.substring(304,344);
             }

                    if(Tipo.equals("02")){

                    String Cnpj2 = line.substring(2,16);
                    String Iest2 = line.substring(16,30);
                    String Uf2 = line.substring(30,32);
                    String DtEmiRec2 = line.substring(32,40);
                    String Serie2 = line.substring(40,42);
                    String NumNf2 = line.substring(42,48);
                    String Cfop2 = line.substring(48,52);
                    String CodCompl2 = line.substring(52,54);
                    String Quant2 = line.substring(54,67);
                    String VlTotBc2 = line.substring(67,80);
                    String VlConfBc2 = line.substring(80,93);
                    String CodMerc2 = line.substring(93,107);

                    if (line.substring(48,50).equals("54") || line.substring(48,50).equals("61")){
                    long vltotbc = Long.parseLong(VlTotBc2);
                    somas += vltotbc;
                    Somas = (somas / 100);
                    }
                    if (line.substring(48,49).equals("1") || line.substring(48,49).equals("2") || line.substring(40,42).equals("SK")){
                    long vltotbc = Long.parseLong(VlTotBc2);
                    somae += vltotbc;
                    Somae = (somae / 100);
                    }

                    }
             
                    /*if (Tipo.equals("03")){

                    String Mam = line.substring(2,3);
                    String DtEmi = line.substring(3,11);
                    String NumMaq3 = line.substring(11,14);
                    String Quant3 = line.substring(14,27);
                    String VlTotBc3 = line.substring(27,40);
                    String VlConfBc3 = line.substring(40,53);
                    String CodMerc3 = line.substring(53,67);
                    }*/

                    if (Tipo.equals("04")){

                    String CodMerc4 = line.substring(2,16);
                    String DescMerc4 = line.substring(16,91);
                    String UniMed4 = line.substring(91,94);
                    }

                    if(Tipo.equals("05")){
                    String CodMerc5 = line.substring(2,16);
                    String DtIni5 = line.substring(16,24);
                    String DtFin5 = line.substring(24,32);
                    String AliqIcms5 = line.substring(32,36);


                    }

                    if (Tipo.equals("06")){

                    String TotTipo6 = line.substring(2,4);
                    String TotReg6 = line.substring(4,18);
                    }

             }

             DecimalFormat df = new DecimalFormat("0.00");{
             System.out.println("Valor das Entradas: " + df.format(Somae));
             System.out.println("Valor das Saidas: " + df.format(Somas));
             }
                
             JOptionPane.showMessageDialog(null,"Arquivo Convertido Com Sucesso!!!");

        inReader.close();
        }
catch (IOException e){
System.err.println(e.getMessage());

}
    }

}

Não porque tipo não pode ser, ao mesmo tempo, “02” e “05”.

Boa tarde!!!

De acordo com o código alguem sabe como eu posso comparar as strings CodMerc2 e CodMerc5.

Se eu tenho que transformar em outro tipo ou coisa parecida.

Obrigado por enquanto!!!

Não seria:

CodMerc2.equals(CodMerc5)