Duvida Conceitual sobre classes

A classe filha só tem acesso direto a última redefinição do método. Ou seja, se você tem A mãe de B que é mãe de C. E a classe B redefine um método escrito em A. C só poderá fazer super.metodo() para acessar o método de B. O comando super.super.metodo() não é permitido pois ele violaria o encapsulamento.

Se o método não foi redefinido, mesmo chamando em C, super.metodo() acessaria o método de A.

Sim. Um erro gravíssimo. Não existe relação mais forte entre duas classes do que a herança.
Herança deve sempre denotar uma relação entre tipos. Não deve ser usada para reaproveitar código (isso é uma consequência, não um objetivo).

Num projeto profissional, mesmo um grande, as classes terão poucos filhos. De maneira geral, é bem melhor usar composição do que herança.