Dúvida, JPA ou JDO

Eu acredito que dependa do seu tipo de aplicação…

Se for uma aplicação web, eu recomendo o uso do JPA… é uma API “fácil” de se utilizar e deixa boa parte do “trabalho duro” feito por debaixo dos panos, apenas para você utilizar. O JDO é recomendável para aplicativos desktop… não é tão intuitivo e você precisa conhecer bastante do seu banco de dados, o que não acontece com JPA, já que tudo que ele faz é relacionado as suas classes de objetos…

JDO é uma tecnologia falida há muitos anos. Use JPA (como aliás fazem os fornecedores de JDO).