Que ferramenta você está utilizando para desenvolver estes forms?
Se você esta utilizando o Netbeans, provavelmente é porque o NetBeans esteja com um determinado lokk and feel, e a aplicação, (utilizando o external execution) esta co outro. Outra opção, seria o arquivo swing.properties na sua pasta JAVA_HOME/jre/lib/swing.properties, com um look and feel diferente. E uma outra opção, a mais provável, você esta em ambiente Windows e o NetBeans 3.6 identifica isto, inicializa-se no look and deel deste SO por padrão, e a aplicação, rodando em External Execution, executa com o look and feel padrão do Java, que na 5.0 é o Ocean, por isso da diferença.
Para resolver isto, a sua aplicação deve ser capaz de então mudar de look and feel. Procure como seta um look and feel na aplicação, no próprio fóum vc vai encontra.