se entendi teu problema, basta criar um sevidor no workspace.
clique em file/new/server, escolha a versão do tomcat, clique em next, aponte para a instalação do tomcat, clique em next, adicione o projeto, clique em finish e seja feliz.
para não ter que reiniciar o servidor toda vez que fizer uma alteração, clique duplo no servidor criado, clique na aba modules, selecione o projeto, clique em edit, desmaque a opção auto reloading enable, clique em ok e salve.
Não esqueça de criar as variáveis de ambiente no sistema e também deixar em automático a inicialização de serviço do Tomcat e ai meu é ir “pras cabeças”
Isso irá lhe direcionar para uma Janela para que vc possa selecionar um novo wizard, onde terá vários pastas. Procure por Server-> Server e dê um Next.
Novamente irá aparecer outra janela semelhante a anterior, com um diferença, nela vc poderá escolher o servidor de aplicação.
Aponte para a versão do Tomcat, configure o local onde está instalado e pronto. Você podera adicionar o seu projeto ao servidor, pois dpois que vc seguiu todos os passos irá aparecer uma janela no seu ambiente com o servidor que vc configurou, clique com direito em cima do server e depois em Add Projects e lá vc adiciona o seu projeto