Dúvida Spring

Pode ser colocado em qualquer diretório do classpath.

Por exemplo, no diretório de resources:

src/main/resources/beans.xml

Posso colocar o arquivo beans.xml dentro do diretório META-INF?

Sim.
Na hora de configurar basta acertar o path:

<context-param>
	<param-name>contextConfigLocation</param-name>
	<param-value>classpath:/META-INF/spring/applicationContext.xml</param-value>
</context-param>

Pode sim. O Spring não é rígido em relação a localização dos arquivos de configuração.

No seu caso usando o ClassPathXmlApplicationContext seria assim:

ApplicationContext context = new ClassPathXmlApplicationContext(new String[] {"META-INF/beans.xml"});