Dúvida

Pessoal…estou com um algoritmo de criptografia e gostaria de aplicá-lo agora. Minha idéia é rodar um aplicativo em uma máquina e fazer transferencia de uma mensagem qualquer para outra via serial. O problema é que não tenho idéia de como faço para desmembrar meu alg em dois aplicativos e adaptá-los para trabalhar via serial.
Alguém pode me ajudar??? Desde já obrigado.