Olá,
Eu só queria saber uma coisa, com programas em Java, eu posso faze-los interfirir em outros programas abertos?
Ex: MSN está aberto, daí eu clico nun botão na minha aplicação, entao ele fecha o msn.
?
Obrigado
Com certeza! 
Com java puro, muito provavelmente não.
Com JNI (onde vai usar código C++) ou, se o programa suportar esses comandos via console, aí provavelmente sim.