Dúvidas ao setar certificado numa conexão SOAP (NFe)

Senhores(as) boa tarde
estou com uma Dúvida.

na hora de comunicar com a SEFAZ estou setando o Certificado dessa forma:

System.setProperty("javax.net.ssl.trustStoreType", "JKS");
        System.setProperty("javax.net.ssl.trustStore", "jssecacerts");
        System.setProperty("javax.net.ssl.trustStorePassword", "changeit");

        System.setProperty("javax.net.ssl.keyStoreType", "PKCS12");
        System.setProperty("javax.net.ssl.keyStore", caminhoCertificado);
        System.setProperty("javax.net.ssl.keyStorePassword", senhaCertificado);

a minha dúvida é:
ao usar o System.setProperty ele seta variáveis a nível de aplicação ?

vou utilizar várias Threads para comunicação com a SEFAZ
uma para cada empresa por exemplo, e cada uma tem seu Certificado próprio

setando o certificado utilizando o System.setProperty será que não vou ter problemas de Conflito ??

Obrigado a Todos.