Boa tarde,
Qual a melhor forma de se utilizar mensagem, quando se utiliza JInternalFrames?Pois já tententei usar JDialog e ShowMensage mas nas duas formas pode acontecer de a mensagem ir para traz da tela onde se abre as JInternalFrames.
Você pode usar o JDialog setando como true a propriedade Modal,
assim, ele se manterá ativa.
Espero ter ajudado!