Fala alexandre…
Primeiro, suas classes tem que estar no classpath, isso é garantido se você estiver utilizando uma IDE como Eclipse, NetBeans, etc…
Se vc estiver utilizando o JCreator pode dar pau, porque ele tende a cometer catástrofes quando se trata de pacotes a não ser que vc crie um projeto.
E se vc estiver programando no bloco de notas, é pior ainda.
Se vc ainda não sabe muito bem o q é o tal do classpath, existem diversos tutoriais e papers básicos sobre java q vc rapidinho pega. Aqui mesmo no portal java vc encontra uns muito bons.
Se o seu problema não for o classpath, então tem dois erros no seu código que podem ser a causa.
(1) a classe empresa tem necessariamente de ser um arquivo chamado empresa.java, e não nome.java
ou seja. se o código é esse:
package java.empresa;
public class empresa
entende-se que exista o arquivo:
“\java\empresa\empresa.java”
Eu não coloquei o “c:” na frente, porque o diretório java\empresa pode estar em qualquer lugar, desde que esse lugar conste no classpath.
(2) não foi declarado o pacote da segunda classe
package java.empresa.funcionarios;
import java.empresa.*; // OU "import java.empresa.empresa;"
Mais alguns detalhes, ao desenhar uma classe, vc não precisa adicionar a linha “extends Object”. Todas as classes java, quaisquer que sejam, naturalmente extendem object. 
Tenta dar uma lida em algum tutorial básico de Java, pq pra programar bem nessa linguagem, basta dominar os fundamentos, o resto vem fácil.
Um abraço!!