Dúvidas sobre MERGE (JPA - EJB3)

ele so vai remover o relacionamento, isso ele esta fazendo nao eh?

creio que o que voce esta precisando é do ORPHAN_DELETE. JPA não tem suporte a isso, mas se voce esta usando JPA com Hibernate, voce tem esse suporte sim. faça assim no relacionamento de funcionario com telefone:

class Funcionario {
  @org.hibernate.Cascade(DELETE_ORPHAN)
  private List<Telefone> telefones;
}

Cara, realmente a JPA não dá suporte a essa funcionalidade.

Coloquei a interface Cascade do Hibernate e estou chamando o CacadeType.DELETE_ORPHAN

Porém, agora o seguinte erro esta ocorrendo:

javax.persistence.EntityNotFoundException: deleted entity passed to persist: [br.com.pacote.entidades.usuario.Permissoes#]

Eu usei aquele conceito de Funcionário e Telefone só para exemplificar o minha situação. Na relalidade, eu tenho uma entidade de Usuário que tem várias permissões de acesso ao sistema (uma coleção). Meu objeto esta completo, não faltando nada, e seu eu chamo tanto manager.merge(u) como manager.remove(u), essa exceção esta sendo disparada.

Tem alguma idéia do que possa ser?