É possível criptografar um arquivo inteiro?

Pra arquivos recomendaria o uso de certificados digitais. Dê uma lida sobre X509, SHA1/RSA.

Tem uma API muito boa que utilizo para isto: http://www.bouncycastle.org, lá tem exemplos de como fazer isso…

Mas nada impede que você criptografe utilizando outros tipos de tecnologia e algoritmos…

Valeu muito obrigado.

É possível, mas não é recomendado. Se o arquivo for grande e dependendo do algoritmo é um processo demorado. Mas é possível, se for necessário.
SE vc quiser esconder o conteúdo do arquivo é o unico jeito.