É possível ler e modificar um arquivo txt dentro do jar da aplicação?

Tecnicamente sim, mas não de uma maneira muito direta.

Vc pode abrir o jar (q é um zip), substituir o arquivo e criar o jar novamente.

é que queria mudar dinamicamente o hibernate.cfg.xml, mas não estou achando uma maneira… tento definir para localizar o arquivo fora do jar da aplicação, mas sem sucesso…alguém já passou por isso? Tem como definir o caminho do hibernate.cfg.xml ou só funciona dentro da aplicação?

O que você precisa fazer exatamente?

Porque deixar o hibernate encontrar o hibernate.cfg.xml automaticamente é só a forma padrão de configurar o hibernate, não é a única, você pode definir o caminho do arquivo, pode usar .properties, pode configurar no código, enfim… depende do que você quer fazer.