Galera, to com um problema até que tá me tirando do sério.
Configurei o contexto da minha aplicação separado, criando o arquivo dentro do diretório conf/Catalina/localhost/contexto.xml. Ele roda certinho se eu startar o Tomcat por fora. Mas se eu utilizar o recurso Server do WTP, que seria para debugar servlets e jsp e essas coisas, ele cria um outro arquivo para meu contexto, ignorando completamente o outro. Ele utilizada uma pasta temporaria dentro do webapps para fazer isso.
Resumindo, adeus Realms e Resources.
Alguém tem alguma solução para esse problema?