Não sei o que está acontecendo com essas IDE no Linux, que até cheguei a pensar ser problema da distro, mas ao instalar em outra, os mesmo problemas se repetem:
1º) Para o Eclipse, tem que criar um atalho com o parâmetro -clean se não quiser ter que digitar pela linha de comando, depois de ter erro de log;
2º) O Netbeans, seja a do pacote da distro ou baixado, ele não responde a nenhum comando de criar projetos ou arquivos.
Peço ajuda, em especial, para o segundo problema, pois não consegui resolver ainda, seja como root ou usuário administrador.