Desconheço se existe esta opção de desativar um plugin e ativar na inicialização sob demanda…
Sei que há alguns plugins que só rodam sendo chamados pela linha de comando, então eu acho que isso é plausível…
Mas deixa eu te perguntar uma coisa… Qual é o processador e quantos GB Ram vc tem disponível?
Eu acho que esse é o seu maior problema, e não o eclipse que está pesado…