Olha o Exadel Studio cria uma estrutura como essa tb para projetos WEB… é como se o seu contexto comeca-se em WebContent… logo se vc colocar por exemplo o seu index.jsp em webcontent então vc acessaria assim
esta estrutura eu não acho fácil, nem usual ou elegante, prefiro o padrãozinho msm…
projeto
WEB-INF
classes
src
e etc…
experimente usar o plug in Sysdeo e criar os seus projetos como Tomcat Projetc e tudo ficara elegante (no formado do container msm)…
Olha o melhor ambiente que eu encontrei até hj para desenvolvimento WEB é o sysdeo(plug-in simples) + Exadel Studio (Super mega poderoso plug-in)… o Exadel te ajuda com tudo… pd rodar todo tipo de servidor por dentro do Eclipse, debugar tranquilamente… tem funções e paleta de objets p/ spring, struts, hibernate e um monte de coisas a mais… mto melhor que o WTP…
Ex simples: O editor XML do WTP não tem auto complete p/ o Web.xml… com o exadel por exemplo vc tem o alto complete ctrl+espaço… onde ele te da as opções disponiveis como listeners, servlet, servlet-mapping, e etc…