Eclipse + webservice

estou fazendo uma aplicação com web service utilizando o plugin q vem com o eclipse (web tools). Estou enfrentando dificuldades na hora de colocar essa aplicação para o tomcat? eu sei q o plugin integra diretamente via um arquivo server.xml q ele proprio cria, não coloca a aplicação fisicamente no tomcat. então o q eu quero fazer é depois de desenvolvido o programa acessa-ló do tomcat.

já fiz essa aplicação na mão(sem eclipse) e coloquei no tomcat e funcionou. sendo q vou fazer um projeto grande e fica dificil ficar fazendo tudo na mão.