Editando um .JAR

Olá, estou com problemas com relação a um .JAR.

Estou adaptando uma ferramenta e preciso alterar algumas classes em um .JAR.

Já extrai ele e já consegui alterar o que eu queria, mas o que eu alterei esta em .java e preciso compilar pra deixar tudo em .class e voltar a ser um .jar

Não consigo compilar as classes que mudei, ele não enxerga as variáveis/métodos que estão no .jar e dá erro de compilação.

Como compilar estas classes?

Obrigado desde já.