Sinceramente, não querendo ofender, mas eu acho que falar que o NetBeans deixa o código amarrado ou engessado é porque quem diz não sabe usar. Tudo bem, se é algum projeto pré-fabricado como um “Java Desktop Application” do NetBeans 6.0 eu concordo, mas para um projeto normal, onde vc monta sua interface nos JFrames, JPanels, etc da vida eu não acho que o código fique tão amarrado assim.
Você pode customizar TUDO, mesmo que não seja pronto visualmente (usando as propriedades) vc pode usar as políticas de geração de código para um componente em particular. Seleciona um componente e nas propriedades vai nem CODE (acima, do lado dos eventos). Lá você tem: Code generation, pre-creation code, post-creation code, pre-init code, post-init code, serialize to e custom creation code. Neles você pode adicionar código não gerado pela IDE e que se mantém da forma que você inseriu.
Outra coisa, acho que nunca vai existir um gerador de interface gráfica que seja tão enxuto, limpo e que gere código performático o bastante para agradar a todos, e falar que o código é um lixo eu acho complicado pois não é algo tão trivial de se fazer 
Hehehe não estou falando que o NetBeans é a melhor IDE que existe ou que gera o melhor código, só estou falando que dá sim para trabalhar nele sem problemas. Existe o JFormDesigner, vc já deu uma olhada? Tem standalone e como plugin para o Eclipse. Já usei ele standalone quando eu tinha uma máquina fraquinha e ele me atendeu no que eu precisava. O melhor é que ele tem suporte para o forms do JGoodies.
Até mais!