O EJBCA é um software que você instala como uma aplicação web (requer o JBoss 4.2 ou superior), e serve, entre outras coisas, para emitir certificados, conforme você mesmo disse.
O material é o próprio site, que é muito bem explicado (problemas com a língua inglesa favor consultar o Google Translator
), mas se você instalar o EJBCA e seguir o tutorial vai ver direitinho como é que, acessando uma das páginas do EJBCA, é possível solicitar e instalar um certificado no browser.
O processo é exatamente o mesmo que é feito por uma autoridade certificadora como a Verisign ou a Certisign: o cliente entra no site, preenche um formulário, submete uma requisição (que será avaliada por um administrador do site), e depois retorna ao site quando o administrador disser que o certificado está aprovado e pronto para ser baixado. (Obviamente você tem a opção de emitir automaticamente, o que deve ser feito apenas para testes internos, já que a segurança nesse caso é zero - imagine uma mesma pessoa solicitando 1000 certificados, o que é possível no modo automático: ela poderia votar 1000 vezes).