Você quer só tornar os caracteres ilegíveis ou você realmente quer criptografar os dados?
(elegíveis = que podem ser eleitos, ilegíveis = que não podem ser lidos)
No primeiro caso, basta criar uma FilterOutputStream/FilterInputStream que faça uma transformação simples sobre os bytes.
No segundo caso, use um CipherOutputStream / CipherInputStream.
http://docs.oracle.com/javase/6/docs/api/javax/crypto/CipherInputStream.html
Para mais referências, procure o livro “Beginning Cryptography with Java”, de David Hook, ed. Wrox. Há um exemplo prontinho na página 52, e os exemplos do livro podem ser baixados do site da Wrox.
http://www.wrox.com/WileyCDA/WroxTitle/Beginning-Cryptography-with-Java.productCd-[telefone removido],descCd-DOWNLOAD.html