Entidade Associativa MySql

Pessoal,
Queria um esclarecimento de modelagem.

Quando crio uma entidade associativa, na hora de inserir valores no Banco de Dados pelo FrontEnd,
ela deve ser preenchida, ou somente as tabelas raiz.

Já li sobre o assunto, mas não compreendi direito, não poderia apenas criar fk entre as tabelas ?

Bom, depende muito de como você estabeleceu a associação entre as classes.
Você está utilizando herança? Ou está utilizando uma classe como atributo de outra?
Você está utilizando JPA? qual versão?

*Poste o código das classes relacionadas.