Erro ao manipular arquivos

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F

Galera eu tenho uma classe que compara dois arquivos em txt para ver se os numeros de um se repetem no outro e depois salva a diferença entre eles, mas o programa pega um monte de dados que tem nos dois arquivos porque????

import java.io.BufferedReader;
import java.io.FileReader;
import java.io.FileWriter;
import java.io.IOException;
import java.io.PrintWriter;
import java.util.Vector;

/*
 * Created on May 23, 2006
 *
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 * Window - Preferences - Java - Code Style - Code Templates
 */

/**
 * @author felipe
 *
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 */
public class Arquivo {

	public static void main(String[] args) throws IOException {
		
		FileWriter writer = new FileWriter("C:\\arquivo_teste.txt");
		PrintWriter saida = new PrintWriter(writer,true);
			
		
		FileReader reader = new FileReader("cnpj_empresa_sindicondominio.txt");//empresa
		BufferedReader leitor = new BufferedReader(reader);
		
		FileReader reader1 = new FileReader("cnpj_baixaSindical_sindicondominio_Sem_Repeticao.txt");//sindical
		BufferedReader leitor1 = new BufferedReader(reader1);
		
		
		Vector vec= new Vector();
		Vector vec2= new Vector();
		
		String linha = null;
		while((linha = leitor.readLine())!=null) {
		  	vec.add(linha);
			
		}
		System.out.println(vec.size());
	
		//****************************
		
		String linha1 = null;
		while((linha1 = leitor1.readLine())!=null) {
		    vec2.add(linha1);
			
		}
		System.out.println(vec2.size());
		//************************************
		Vector v = new Vector();
		Vector v1 = new Vector();
		System.out.println("teste");
		String emp;
		for(int i=0;i<vec.size();i++){
			emp=(String) vec.get(i);
			if(vec2.contains(emp)){
				
				v1.add(emp);
			}
			else{
				v.add(emp);
				saida.println(emp);
				
			}
		}
		saida.close();
		System.out.println(v.size());
		System.out.println(v1.size());
		
		leitor.close();
		reader.close();
		leitor1.close();
		reader1.close();
		
		
		
	}
}

Falow!!!

Criado 23 de maio de 2006
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