Oi Pessoal,
Bom, meu projeto tem um autogen que cria pacotes e arquivos .java através do build.xml. MAS…o eclipse não reconhece esses novos pacotes se eles já não estavam criados quando você criou o projeto. (Se vc criou o projeto com os pacotes já criados ele funciona normal) 
O ponto é, nem se vc deletar o projeto (sem deletar o conteúdo, afinal no clear case os objetos controlados por versão não podem ser deletados por um delete normal) e recriá-lo, ou se vc fechá-lo e abri-lo novamente…e dar indefinidos Clear Projects ou Refresh na raíz, ele atualiza p/ o fato que aquela pasta é um pacote criado após a criação do projeto e que ela realmente está lá! O compilador continua dizendo que aquele pacote não foi encontrado.
Alguém aí já caiu nesse tipo de situação? Se não, alguém ao menos sabe onde o eclipse guarda esse tipo de cache sobre as pastas do projeto quando um projeto é criado? Ao que eu vejo, não é nenhum arquivo criado no Project Workspace.
Se a descrição ficou confusa, me dêem um toque…mas eu acho que todos que usam autogen de pacotes integrados no ant que roda dentro do eclipse deveriam ter o mesmo erro, não? Ou ninguém roda autogen de pacotes? 
Valeu pessoal, até +