Pow eu acho que já to ficando doido!
não sei se vai ter como ver só por esse trecho, mas alguem consegue ver algum erro nesse pedacinho aí?
[code]_controller.cadastrarAluno(aluno);
	ArrayList<Disciplina> disciplinas = _controllerDisciplina.pegarTodasDiscilpinas();
	
	System.out.println("Digite uma Disciplina da Lista para incluir o aluno");
	for(Disciplina disciplinaAtual : disciplinas) {
		System.out.println();
		System.out.println("Matrícula: " + disciplinaAtual.getCodigo());
		System.out.println("Nome: " + disciplinaAtual.getNome());
	}
	String nome = _input.next() + _input.nextLine();
	
	for(Disciplina disciplinaAtual : disciplinas){
		if (nome.equalsIgnoreCase(disciplinaAtual.getNome())){
			disciplinaAtual.addAluno(aluno);
		}
		else System.out.println("Disciplina não existente");
	}
[/code]