Pow eu acho que já to ficando doido!
não sei se vai ter como ver só por esse trecho, mas alguem consegue ver algum erro nesse pedacinho aí?
_controller.cadastrarAluno(aluno);
ArrayList<Disciplina> disciplinas = _controllerDisciplina.pegarTodasDiscilpinas();
System.out.println("Digite uma Disciplina da Lista para incluir o aluno");
for(Disciplina disciplinaAtual : disciplinas) {
System.out.println();
System.out.println("Matrícula: " + disciplinaAtual.getCodigo());
System.out.println("Nome: " + disciplinaAtual.getNome());
}
String nome = _input.next() + _input.nextLine();
for(Disciplina disciplinaAtual : disciplinas){
if (nome.equalsIgnoreCase(disciplinaAtual.getNome())){
disciplinaAtual.addAluno(aluno);
}
else System.out.println("Disciplina não existente");
}