Já aconteceu comigo também. No meu caso era que a máquina era meio lenta. Após a correção do erro, o icone de erro ainda aparecia. Esquenta não, daqui a pouco desaparece. Ás vezes também o netbeans dispara uns erros internos sinalizados no rodapé dele. Isso causa reações imprevisíveis.
Aqui no trabalho utilizo o netBeans 6.9 e lá em casa o 6.7. Comecei o projeto no 6.7 e tem dado uns bugs muito estranhos quando mexo aqui. O pior é que to com medo de quando eu for entregar o programa dar pau no NetBeans do meu professor.