Escolha de nova arquitetura

Boa tarde a todos.

Hoje aqui na empresa temos um sistema que é dividido em 2 projetos: um projeto web, que disponibiliza webservices para várias ações; e um projeto desktop, que dispara várias threads, as quais chamamos de sonda, que leem nosso banco de dados e dispara algumas ações para cada informação encontrada, ninguém interage com esse projeto, nem mesmo tem uma interface, roda em linha de comando. Os dois projetos compartilham muitas classes, principalmente relacionadas a base de dados, mas também regras de negócios.

No projeto web atualmente utilizamo Spring e Hibernate como arquitetura básica. No projeto desktop utilizamos apenas Hibernate. Com arquiteturas diferentes a forma com que os projetos compartilham código é na base do Ctrl+C / Ctrl+V, o que, como vcs devem imaginar, causa alguns problemas.

A ideia é iniciar um novo projeto, com uma arquitetura melhor definida, e que as classes comuns aos dois sistemas sejam compartilhadas. A princípio pensei em criar um projeto que concentraria essas classes comuns, que seriam o core dos outros dois projetos.

A primeira dúvida seria em relação ao atual projeto desktop. Gostaria de rodá-lo no JBoss ao invés de deixa-lo somente como uma aplicação desktop. Qual tipo de projeto poderia criar, levando-se em conta que não seria uma aplicação web? E o JBoss aguentaria uma carga de processamento muito grande?

Estive estudando ultimamente sobre JEE 6 e principalmente CDI, porém ainda tenho muitas dúvidas sobre empregar uma arquitetura utilizando essa dupla. Em comparação com Spring, CDI é muito mais simples para Injeção de Dependência. Porém utilizando Spring temos ainda algumas vantagens como o controle transacional, o que pode ser resolvido em JEE utilizando EJB, mas pelo que vi o controle transacional do EJB é voltado para aplicações web, sendo controlado através de sessão, então como iria funcionar isso em operações que são executadas automaticamente, como no caso das sondas que usamos?

As dúvidas mais básicas são essas. Com certeza tem mais dúvidas, que vou colocando aqui conforme forem aparecendo.

Desde já obrigado.