Bom dia nieri,
Primeiramente seria melhor você postar o código JAVA dentro das tags CODE, isso ajuda bastante para ler o código.
Outra coisa, pelo que deu para ver inicialmente, você está escrevendo em loop um arquivo com o mesmo nome, acho que ali já está um dos seus problemas.
Mas para ajudar mais faça esse ajuste no post e diga exatamente qual a sua dúvida. Se é um erro de compilação, erro de execução ou o resultado obtido não é o que espera.
Então você deve armazenar todo o conteúdo em um objeto e somente depois gravar o arquivo.
Algo assim:
StringBuilder conteudo = new StringBuilder(); //Utilize a Classe StringBuilder para trabalhar com esse tipo de String.
List<ContaPagar> contas = query.getResultList();
if (contas.size() == 0) {
System.out.println("Lista de contas vazia");
}
for (ContaPagar conta : contas) {
conteudo.append(conta.toString());
}
File file = new File("C:/Users/Nieri/Desktop/teste.txt");
try {
FileWriter fw = new FileWriter(file);
fw.write(conteudo.toString());
fw.close();
} catch (IOException ex) {
Logger.getLogger(ContaPagarMDI.class.getName()).log(Level.SEVERE, null, ex);
E outra coisa nieri, talvez o oddy.silva não tenha entendido a sua dúvida porque você não colocou o que relamente precisava no post.
Não da para entender se você estava com problema para criar o arquivo ou se era em relação ao conteúdo dele.
Então por favor responda de forma mais amigável pois estamos tendando ajudar.