Estrutura de Development e Deployment para Uma App Java - Use a Cabeça Servlets

Estou começando agora a estudar sobre servlets e jsp. Mas fiquei estou com uma dúvida que não consegui encontrar nos fóruns, no 3º capitulo do livro ele apresenta uma estrutura para development e deployment. Qual a diferença entre as duas ? Uma fica para desenvolvimento na IDE e outra para utilização no tomcat ? ( Estou lendo o livro em inglês ). Mas minha principal dúvida é, pq a estrutura de uma app web criada no netbeans é tão diferente das mostradas no livro ?