Estrutura de diretórios (deployment) - Como organizar?

Tem como fazer isso sim. E inclusive eu recomendo.

A ferramenta que uso para fazer isso é ANT. Mas com o Lomboz também dá para fazer.

Qual IDE você usa?

Eu estou começando, ainda nem comecei a usar IDE, mas eu pretendo usar o Eclipse, parece ser o mais completo.

Quanto ao construtor, eu li algo sobre o ANT, sei que configura um arquivo build.xml, mas ainda não sei usar.

Estou gostando muito do Java, mas há muito a aprender, inclusive certos conceitos que não existem em linguagens (como o Delphi, que eu uso até hoje). Assim, estou começando a entender como as coisas se encaixam, mas vagamente, ainda.

Estou, inicialmente, tentando montar minha primeira aplicação de teste, usando JSP+Struts, e acessando o FireBird usando o JDBC.

Grato,
Buosi.