Amigo Tem como sim o seu arquivo Java rodar sem o Netbeans ou eclipse.
E pelo arquivo JAR que ira rodar.
Agora pra gerar o arquivo Jar vou lhe mostrar:
Clique com o botão direito no seu projeto em propriedades.
Feito isso clique em Executar e na label Classe Principal clique no botão procurar
Escolha qual é o seu arquivo principal feito isso clique em OK.
Agora clique com o botão direito no seu projeto e clique em Limpar e Construir.
Repare na janela Saída caso não apareça clique CTRL+4 ela ira indicar onde esta o endereço do JAR.
Geralmente o arquivo JAR ficar dentro da pasta do projeto por exemplo.
A pasta do meu projeto ficar nos meus documentos>NetBeansProjects>Nome do Projeto>dist>Arquivo Jar
Agora e so clicar no arquivo Jar que ira rodar.
Boa sorte