Executando um arquivo no linux pelo browser

Como executar um arquivo no linux atravez do browser?
Estou tentando executar o arquivo bemafilx.cmd que é responsavel pela comunicação do software com a impressora fical da bematech
Fiz uma jar que executa o seguinte comando Runtime.getRuntime().exec(./bemafilx.out), desde que minha jar esteja no mesmo diretorio do bemafilx.out ele executa sem maiores problemas.
Mas o problema é que:

  1. se colocar o arquivo jar em um diretorio separado do bemafilx.out e colocar o caminho dentro do exec Ex. getRuntime().exec(/usr/alan/ecf/bemafilx.out) ele dá uma msg de erro ao abrir a porta
    2)Esse comando vai ter que ficar em um botão na pagina html, quando eu coloco esse comando no botão, simplesmente não acontece nada a bemafilx.out não retorna erro algum e não faz nada

Por favor se alguem puder esclarecer esse problema!!

Obrigado

Quando você fala em executar pelo browser, você está falando em applet ou é um servlet que está executando o comando em um servidor Linux, através de uma página?