Usualmente eu faço o seguinte:
a) Crio um arquivo .bat ou .cmd contendo o comando desejado. Por exemplo, digamos que a classe principal de seu Jar “PontoDeVenda.jar” seja br.com.teste.PontoDeVenda e os parâmetros a serem passados são o nome do cliente e o número do caixa:
java -classpath PontoDeVenda.jar;MeuBancoDeDados.jar br.com.teste.PontoDeVenda "Padaria do Manuel Ltda. ME" 2345
onde “Padaria do Manuel Ltda. ME” é o primeiro parâmetro (que no main é o args[0]) e “2345” é o segundo parâmetro (que no main é o args[1]).
b) Ponho um atalho (shortcut) para esse arquivo .bat ou .cmd, lembrando que o diretório inicial deve ser ajustado corretamente no atalho, para que seja fácil achar o arquivo .jar.
c) Não se esqueça que no Windows, se o parâmetro tiver espaços, deve ter aspas duplas (como é o caso do nome da empresa do seu Manuel).
d) No Linux, escreva um arquivo-texto, modifique a permissão de execução com chmod ugo+x, e faça um atalho para esse arquivo.
java -classpath PontoDeVenda.jar:MeuBancoDeDados.jar br.com.teste.PontoDeVenda 'Padaria do Manuel Ltda. ME' 2345
Note que no Linux os arquivos .jar são separados por “:” em vez de “;” e você tem de usar aspas simples (é possível usar aspas duplas, mas você tem de saber o que está fazendo).