Bom, um shortcut pode ser feito de três maneiras, no caso do Windows:
Manualmente - No caso do Windows, basta clicar no Desktop, escolher no menu New a opção Shortcut (acho que é Novo e Atalho no Windows em português, não sei assim de cor). Então é só preencher os formulários.
Semi-manualmente - Se o java.exe e o seu jar vão sempre estar no mesmo diretório, você pode criar o atalho, tal como no exemplo acima.
Isso na verdade é um arquivo <nome do atalho>.lnk (como você pode comprovar usando um Command Prompt - Janela do DOS, e usando o comando dir. ). Esse arquivo pode ser copiado então para as máquinas dos usuários que querem rodar o seu programa.
Automaticamente - Use um programa instalador de programas, que faz essa parte para você. Existem os programas pagos (Installshield, Wise, InstallAnywhere) e os gratuitos, como o IzPack ( http://www.izforge.com/izpack/ )