Executar Script no Servidor?

Boa noite galera, tudo bem, espero que sim.
Bom meu problema é o seguinte:
Atualmente administro uma rede interna com aproximadamente 300 maquinas, estou desenvolvendo um sistema para bloquear/desbloquear a internet dessa maquinas, esse sistema é em JSP/JAVA.
Meu servidor de internet(proxy/firewall) é o ISA Server 2004 da Microsoft.
Gerei uns scripts para controla as ações das regras e agora necessito executar esses Scripts no servidor atraves da minha aplicação Web.
Até o presente momento usei o Runtime.getRuntime().exec(“comando”);
o interessante é que ao olhar no gerenciador de tarefas do windows o provesso foi criado, porem naum foi executado, e oque é mais intrigante, se vc tentar executar pelo prompt de comando o mesmo comando passado no metodo acima(c:\wscript bloqueia.vbs maq1 maq2…) o script funciona corretamente. :shock: Alguem tem ideia do que acontece…
Existe uma melhor maneira de resolver esse problema ???
lembrando que utlizo VBScript para fazer isso, e o comando no prompt é o wscript.
Toda ajuda é beem vinda.
obrigado…