Olá, luiz
Em primeiro lugar, banco de dados para soluções embarcadas, são bancos para celulares, tablets e etc. Mesmo se você não tiver fazendo uma aplicação deste tipo porém quiser migrar para outro banco, tal qual o MySql ou PostgreSQL, um aplicativo chamado IBExpert é um console de bancos Interbase e Firebird, que possui um recurso que permite voce gerar um script SQL “Insert Into” quantos forem a quantidade de registro de cada tabela. Basta você copiar este script e executar dentro do console do MySQL ou PostgreSQL, isto é, depois de voce ter criado a tabela dentro destes consoles com a mesma estrutura que há no Firebird.
Quanto a linguagem Java não gerar executáveis, você deve segui a dica do nosso amigo Jhonny Oliveira, ou seja, copiar o arquivo compilado em *.jar para máquina cliente, isto também é claro, esta máquina tem que ter instalado o JVM do Java que nada mais é o JRE (Java Runtime Enviroment), se não ele não interpreta o seu arquivo *.jar.
Se você leu o conteúdo dos posts, entenderá como funciona.
Um abraço