Me parece que não há como exportar Schema de banco com o JPA.
Mas usando o Hibernate, seria possível ao menos que o Hibernate usasse o persistence.xml como configuração ao invés do hibernate.cfg.xml ? Ou gerar o hibernate.cfg.xml em tempo de execução em memória apartir do persistence.xml ?
Isto permitiria o uso e manutenção de um único arquivo de configuração, embora o código de exportação dependente do Hibernate.