Serializar é pegar o que está na memória e jogar no disco.
Da forma que você descreveu, existem várias formas: você pode criar um xml padronizado e ficar passando isso pra lá e pra cá; pode pegar um arquivo de serialização binária e passar pra lá e pra cá; pode centralizar o banco de dados; dentre outras alternativas.
Trabalhando com arquivos, você teria mais ou menos uma ginástica assim: exporta no programa desktop, transmite para o dispositivo móvel, importa para o programa do dispositivo móvel, altera no programa do dispositivo móvel, exporta no dispositivo móvel, transmite do dispositivo móvel para o desktop, importa no programa desktop, altera…, exporta…, e assim sucessivamente =)
Dependendo da finalidade, ter isso desta forma assíncrona pode não ser uma boa ideia, em outros casos sim. Centralizar os dados faz com que a informação esteja atualizada mais rápido, com a impressão de tempo real, mas o sistema fica mais vulnerável a pequenas falhas de comunicação. De qualquer forma, vai depender do seu caso.